Делаем это при помощи /dev/null
Например обнуляем большой файл почты root:
cat /dev/null > /var/mail/root
как говорится превращаем файл в чистую энергию
кроме того бывает так что нада почистить очередь почты
serv# cd /var/spool/mqueue
serv# ls | xargs rm -f '{}'
Вот это то что надо. А то через mail я так и не понял как удалять. Он их только читает. А первый способ самое то.